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Auswahl spezifischer Proben für DNA Arrays

Sowohl Medizin als auch Biologie benötigen effiziente diagnostische Verfahren, um das genetische Erbgut zu analysieren. Die Verfügbarkeit kompletter genomischer Sequenzen ermöglicht es bereits heute, interessante Fragen auf chromosomaler Ebene zu stellen und zu beantworten. Traditionelle Verfahren der Genanalyse wie etwa die Polymerase-Kettenreaktion (PCR), die verschiedenen Blotting-Techniken sowie automatisierte Sequenzierungsverfahren sind jedoch eher sequentieller Natur und für Versuche auf chromosomaler Ebene - bei ca. 3 Milliarden Basenpaare im menschlichen Genom - oder zur schnellen Verarbeitung vieler Proben zu ineffizient und teuer.

Mittels sogenannter DNA-Arrays bzw. DNA-Chips ist es mittlerweile möglich, durch Parallelisierung der Experimente erhebliche Kosten- und Geschwindigkeitsvorteile zu erzielen. Dazu werden einige tausende kurze DNA-Stücke auf vorbestimmten Positionen, sogenannten Spots, eines Glasträgers immobilisert. Die zu analysierenden (wesentlich längeren) DNA- oder RNA-Sequenzen werden fluoreszent markiert und mit dem Chip zur Reaktion gebracht. Komplementäre Stränge in der zu analysierenden Menge lagern sich dabei auf dem Chip an. Nachdem überschüssige Polymere durch Waschen des Chips entfernt wurden, kann anhand der Floureszenz der einzelnen Spots auf dem Chip bestimmt werden, welche Reaktionen stattgefunden haben. Damit ist es möglich, Informationen über die zu diagnostizierenden Zielsequenzen zu gewinnen.



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