>
') ;?>
') ;?>
'); ?>
Next: Thermodynamisches Modell
Up: Auswahl spezifischer Proben für
Previous: Auswahl spezifischer Proben für
Ein großes Problem beim Design von DNA-Chips ist die Auswahl
geeigneter Teilstücke für den Chip. Durch die parallelen
Reaktionen auf dem Chip ist es erforderlich, die auf dem Glasträger
zu immobilisierenden Stücke so auszuwählen, dass
anschließend auch tatsächlich Rückschlüsse auf die
Zielsequenzen möglich sind. Dazu sind im wesentlichen drei
Bedingungen zu erfüllen:
- Spezifität: Die Proben auf dem Chip sind so zu wählen,
dass sie nur mit dem gewünschten komplementären Strang in der
Menge der Zielsequenzen binden. Dazu ist für jede Zielsequenz ein
kurzes Teilstück auszuwählen, das diese eindeutig
charakterisiert, d.h. das in keiner anderen Sequenz vorkommt. Das
Problem wird weiter dadurch verkompliziert, dass auch nicht
perfekt komplementäre Stränge stabile Bindungen eingehen
können. Entsprechende Teilstücke sind keine guten Kandidaten für
Proben.
- Sensitivität: Oftmals soll nun mit einem Spot auf dem
Chip nicht nur eine einzelne Sequenz erkannt werden, sondern eine
ganze Familie verwandter Sequenzen. In diesem Fall muss die
Chip-Probe mit jeder Sequenz dieser Familie binden (muss sensitiv
sein), darf aber mit keiner anderen Sequenz reagieren ( soll spezifisch sein).
- Gleiche Hybridisierungsbedingungen: Auf der
Chipoberfläche müssen einige hundert bis tausend solcher
Reaktionen gleichzeitig ablaufen, wobei alle diese Reaktionen unter
gleichen Bedingungen, d.h. unter gleichem Salzgehalt in der
Reaktionslösung, bei gleichem pH-Wert und vor allem bei gleicher
Temperatur stattfinden müssen.
Alle diese Probleme hängen voneinander ab, wodurch ein kompliziertes
kombinatorisches Problem entsteht. Im Rahmen einer Diplomarbeit (Lars
Kaderali, ,,Selecting Target Specific Probes for DNA-Arrays``) wurde am
ZAIK ein Algorithmus entwickelt, der es dem biologischen Anwender
erlaubt, geeignete Kandidaten für das Chipdesign auszuwählen.
') ;?>
') ;?>
'); ?>