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Ausblick

Unsere Poolingstrategie und die Dekodersoftware laufen seit Anfang 1995 im Produktionsbetrieb im Human Genome Center des Los Alamos National Laboratory. Der Ansatz hat sich im täglichen Einsatz als robust, statistisch zuverlässig und ressourcenschonend erwiesen. Die Performance liegt selbst bei Fehlerraten, jeweils für falsch positive und falsch negative Fehler, von zehn Prozent oberhalb von 85 Prozent.

Bei dem ersten implementierten Poolingdesign war das Verfahren sensitiv genug, Korrelationen zwischen Klonen anzuzeigen, die auf den Mikrotiterplatten benachbart waren. Dies wurde durch weitere Experimente als ein ,,Überschwappen`` auf den Mikrotiterplatten der Klonbibliothek zurückgeführt, ein Fehler, der ohne das Dekodierungsverfahren vermutlich nie gefunden worden wäre.

Die Auswertungstrategie lässt sich auch auf Problemstellungen bei DNA-Chips anwenden, und zwar wenn keine eindeutigen sequenzspezifischen Proben gefunden werden können. In dieser Hinsicht laufen Untersuchungen in Zusammenhang mit dem Projekt unserer Arbeitsgruppe zur Selektion von Proben für DNA-Chips.

Dies ist eine gemeinsame Arbeit mit David C. Torney (Group T-10, LANL). Weiterhin beteiligt sind Manny Knill, Norman Dogget, Jon. A. Longmire, Judy Tesmer, David Bruce, Bill Bruno (LANL).


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