Pooling")?> Will man eine grosse Menge einzelner Objekte dem gleichen Test unterziehen, kann Pooling verwendet werden um die Gesamtanzahl an durchzuführenden Tests zu minimieren. Hierbei werden anstelle einzelner Objekte Gruppen von Objekten (sogenannte Pools) getestet. Dies setzt voraus, daß selbst ein einzelnes -- in Hinblick auf den Test -- positives Objekt in einem Pool, zu einem positiven Ergebnis beim Testen des ganzen Pools führt.

Mit Hilfe einer Bayes-Formulierung und eines Markov-Chain-Monte-Carlo Ansatzes ist es möglich, von Testergebnissen aller Pools statistisch verläßliche Rückschlüsse auf den Ausgang des Tests eines einzelnen Objektes zu ziehen. Kontakt:")?>Alexander Schliep
Tel.: 0221/470-6011
Fax: 0221/470-5160
scicomp@zpr.uni-koeln.de Was ist MCPD?")?> In der Molekularbiologie, etwa bei der Erzeugung von physical maps, tritt das Problem auf, daß eine große Zahl von Clones einer Clone library daraufhin überprüft (screening) werden müssen, ob sie ein bestimmtes Segment der DNA (STS - sequence tagged site) enthalten.

Hierbei wird Pooling eingesetzt um die Anzahl an Screenings auf ein Minimum zu reduzieren. Beim Physical Mapping des menschlichen Chromosom 16 im Los Alamos National Laboratory z.B. reichten bei einer Bibliothek mit 1.300 Clones eine Anzahl von unter 60 individueller Screenings per STS um die im Schnitt drei positiven Clones unter den 1.300 zweifelsfrei fesstzustellen. Eine größere Bibliothek mit über 52.000 Clones ist derzeit in Los Alamos in Arbeit und verspricht eine noch deutlichere Arbeitsersparnis.

Die Auswertung der Testergebnisse der Pools erfolgt mit der Markov-Chain-Pooling-Decoder-Software (MCPD), die eine Markov-Chain-Monte-Carlo-Methode implementiert. Unser Algorithmus ermöglicht die Arbeit mit einer geringeren Anzahl von Pools bei gleichzeitiger Verbesserung der Zuverlässigkeit.

Darüberhinaus können durch Simulation von Experiment und Dekodierung verschiedene kombinatorische Designs auf ihre Qualität getestet werden. Dies erlaubt die Wahl eines optimalen Designs in Hinblick auf Anzahl der Pools und Auflösungsvermögen bei vorgegebenen Fehlerraten.

Webpage?")?> Weitere Informationen gibt es unter http://www.zpr.uni-koeln.de/~schliep/MCPD.